In 1612 begint Jan Pieterszoon Coen aan zijn tweede reis naar Oost-Indië. Ditmaal als opperkoopman en commandeur van twee schepen in dienst van de VOC-kamer Amsterdam.
Zijn talenten blijven niet onopgemerkt. De eerste gouverneur-generaal Pieter Both schrijft lovend over zijn kwaliteiten als koopman en boekhouder. Hij omschrijft Coen als : …een eerlijck ende godvreesent jonckman, zeer modest van leven, zedig ende van goeder aert…”
In 1613 benoemt Both hem tot boekhouder-generaal, met de opdracht de boekhouding van de VOC in Azië op orde te brengen. Een kolfje naar Coens hand. Een jaar later wordt Coen als directeur-generaal verantwoordelijk voor het reilen en zeilen van alle kantoren of factorijen van de VOC in Azië.
Het is nu nog maar een kleine stap naar de hoogste functie. Coen krijgt zijn kans wanneer gouverneur-generaal Lourens Reaal in 1616 zijn ontslag indient. Hij noemt Coen als één van zijn mogelijke opvolgers : “een persoon van grooten oordeel, neerstich ende cloeckmoedich…” De Heeren XVII kunnen niet meer om hem heen. Op 23 augustus 1617 benoemen ze Jan Pieterszoon Coen tot hun hoogste man in Oost-Indië, met een inkomen van 600 gulden per maand. Coen bekleedt de functie van gouverneur-generaal in totaal zeven jaar, langer dan elk van zijn voorgangers.
