Jan Pieterszoon Coen overlijdt op 21 september 1629 tijdens het beleg van Batavia. Over zijn graf is later nog veel te doen
In 1629 wordt Batavia voor het tweede achtereenvolgende jaar belegerd door susuhunan Agung, de vorst van Mataram. Een legermacht van 80.000 man, compleet met olifanten en kanonnen bedreigt de stad. Het water in de rivier wordt vergiftigd. De verdedigers hebben het zwaar. Net als vele anderen wordt ook Jan Pieterszoon Coen ziek. Als gevolg van besmet voedsel of drinkwater loopt hij ‘rode loop’ (dysenterie) op.
In de nacht van 20 op 21 september verslechtert zijn conditie. Om 1 uur ’s nachts sterft hij. Terwijl de gevechten in volle gang zijn, trekt de volgende dag een rouwstoet door Batavia en wordt Coen ‘zeer statelyk en met al de vercierzelen, pragt en eerbewijzen van een Oppergebieder van Indiën’ begraven in het stadhuis, omdat de kerk tijdens het eerste beleg is afgebrand.
In 1634 wordt hij bijgezet in de herbouwde Hollandsche kerk. Die wordt in 1807 op afbraak verkocht en sindsdien is het graf van Coen en andere gouverneur-generaals spoorloos. Een speciaal ingestelde regeringscommissie doet in 1934 een poging Coens graf terug te vinden. Een gedenkplaat in het huidige Museum Wayang in Djakarta herinnert aan de vermoedelijke plaats van het graf van Jan Pieterszoon Coen.
